El puerto de Portbou está situado al sur de la bahía de Portbou y toca la Punta de Gatillepis, el cuello de las montañas del Puig del Claper y el Puig del Halcón entre la cresta y el núcleo urbano de Portbou. El frente costero está formado por abruptos acantilados de gran altura con algunas ensenadas intercaladas. La actividad de los puertos se caracteriza por el amarre de embarcaciones deportivas y la botadura de todo tipo de embarcaciones, ya que cuenta con un gran “Travell lift” y una zona terrestre de invernada, que atrae a barcos de pesca y otras embarcaciones de los puertos de los alrededores. El Puerto tiene conexión con la Edar (depuradora de aguas residuales) de Portbou en ambos sentidos, es decir, con impulsión de agua, limpieza de embarcaciones o reutilización de aseos.