La historia de este magnífico puerto comenzó en los años 60, cuando el alcalde Enrique Bolín propuso la construcción de una infraestructura que permitiera a Benalmádena ofrecer atractivos turísticos de calidad, al tiempo que mejoraba la relación histórica de este municipio con el mar Inicialmente, la idea de construir este puerto fue recibida con incredulidad por lo innovador y grandioso de la idea, aunque el impulso municipal consiguió superar los obstáculos que se presentaron y poco a poco y sin muchas vicisitudes, se construyó lo que hoy es una de las instalaciones deportivas, recreativas y de ocio más atractivas de todo el litoral mediterráneo. El Puerto Deportivo de Benalmádena nació como una concesión administrativa otorgada por el Ministerio de Obras Públicas y Urbanismo al Excmo. Ayuntamiento de Benalmádena. Ayuntamiento de Benalmádena, con acuerdo del Consejo de Ministros, para la construcción y gestión de un puerto deportivo básico o de invierno en la playa de la Fuente de la Salud.
Las obras comenzaron el 12 de noviembre de 1972, tras varias fases de construcción, que finalizaron con la inauguración del puerto el 9 de octubre de 1982. El puerto ha sido gestionado desde sus inicios por el Excmo. Ayuntamiento de Benalmádena aunque, para mejorar y racionalizar su gestión, en julio de 1996 y por acuerdo del Pleno, se creó una Corporación Municipal.