El puerto de Mazara del Vallo constituye el único puerto canal de Sicilia. Está dividido en tres cuencas: antepuerto, dársena pesquera (o puerto nuevo) y puerto canal. La historia del puerto del canal tiene orígenes antiguos; situado en la desembocadura del río Mazaro, siempre ha sido un importante punto de referencia para el tráfico marítimo dentro del Mediterráneo.

En el año 600 a.C., los griegos también lo utilizaron como emporio comercial; los romanos siguieron considerándolo un punto de referencia para su comercio marítimo, pero fue con los árabes cuando el puerto de Mazara del Vallo empezó a contarse entre los principales puertos de la isla.

En los años 1800 y 1900 surgió la gran flota pesquera, que actualmente cuenta con más de 4300 barcos. De hecho, el puerto es la principal base de buques de pesca de altura de todo el Mediterráneo, con una producción anual de unos 200.000 quintales de pescado.

El puerto comercial está protegido al este por un rompeolas y el muelle de Levante; al oeste, la protección procede del nuevo muelle de Ponente. Para acceder a la dársena del puerto comercial, es necesario ponerse en contacto previamente con la autoridad marítima.

Para entrar, hay que ceñirse a la línea central de la entrada a los puertos, que es fácilmente identificable, ya que está marcada por tres farolas: una con destellos rojos en la cabeza del nuevo muelle occidental, otra con destellos verdes en la cabeza del espigón curvo y otra con una luz roja fija, que señala el extremo sur del muelle meridional.

La profundidad del lecho marino es muy variable. En el preembarcadero la profundidad es de unos 6 ó 7 metros; en el puerto nuevo es de unos 5 metros, mientras que en el puerto del canal es de 2 ó 3 metros.

El puerto de Mazara del Vallo desempeña muchas funciones importantes. Ante todo, es un puerto de escala industrial, ya que cuenta con la presencia de un gran número de astilleros; en particular, se dedican a la construcción de cascos de tonelaje medio y ofrecen todo tipo de reparaciones de cascos y motores en los numerosos talleres mecánicos.

Los puertos también desempeñan la función de suministro de petróleo, gracias a la existencia de un depósito costero de combustible.

El movimiento comercial se produce en los muelles de Mokarta, donde atracan los cruceros en tránsito, y Ruggero II, este último equipado con cuatro silos para almacenar cemento a granel.

Los servicios de pasajeros se realizan en el muelle Ammiraglio Francese, situado en la dársena del Puerto Nuevo, y en el muelle Giovan Battista Quinci, situado en el lado este de la salida del puerto.

Las embarcaciones más pequeñas pueden repostar en los muelles de Molo C.te Caito. Los muelles también están equipados con tomas de electricidad y cabinas telefónicas.

Para las embarcaciones de recreo, no hay varadero. No hay gasolinera dentro de los puertos, pero hay algunas cerca.

Hay dos pequeños puertos deportivos cerca del puerto de Mazara del Vallo: el puerto deportivo ADINA , gestionado por la Associazione Diportisti Nautici Mazarese, y el pequeño puerto deportivo de S. Vito. Este último se encuentra a 0,7 NM al este del puerto comercial y consta de un rompeolas de 90 metros de longitud y un arrecife subalpino. Tras una orden de desalojo de la Capitanía de Puertos, el puerto deportivo de S. Vito está actualmente en desuso.