La ville de Port-Louis, anciennement connue sous le nom de Blavet, a été fondée en raison de sa situation naturelle exceptionnelle. Elle a hérité d’une position stratégique privilégiée et d’un devoir de protection.

Au Moyen Âge, Port-Louis sert d’avant-poste maritime à deux villes fluviales : Hennebont et Pont-Scorff. Ce n’est qu’en 1618 que la ville prend le nom de “Fort-Louis” puis de “Port-Louis” en l’honneur du roi Louis XIII qui souhaitait construire une ville fortifiée pour protéger le royaume des ennemis anglais, espagnols ou hollandais. La citadelle de Port-Louis a connu plusieurs phases de construction. Elle débute sous la direction de Jacques Corbineau, qui construit les murailles et les casernes entre 1616 et 1622.

Puis, en 1636 (guerre de Trente Ans), ce fut le tour des parapets, des douves, de la barre de sécurité, du chemin secret et des tribunes. Les murailles sont construites entre 1648 et 1653 et encerclent la presqu’île. En 1654, le duc de Meilleraye fonde la Compagnie de Madagascar, qui deviendra plus tard la Compagnie des Indes orientales. Après s’être installée au Havre, la compagnie s’installe à Port-Louis en 1664, période faste pour la ville. La Compagnie des Indes orientales a fermé ses portes en 1979. Pendant la révolution, Port-Louis prend le nom de “Port Liberté” et la citadelle sert de prison aux Chouans.

Le prisonnier le plus célèbre de la citadelle est sans doute Napoléon III, qui y a fait un court séjour au début du XVIIIe siècle. À la fin du XVIIIe siècle, l’économie sardinière se développe suite à l’unification des marchands. Sous le règne de Louis-Philippe (1830-1848), la ville connaît une renaissance avec la découverte des conserves à l’huile, technique qui relance le commerce de la sardine. La pêche à la sardine et au thon, la vente de poisson frais et la construction de conserveries stimulent le redéveloppement de la ville. Au cours du XXe siècle, Port-Louis est concurrencé par le développement du port de pêche de Keroman en 1927. Après la Seconde Guerre mondiale, l’activité de Port-Louis s’est arrêtée jusqu’au début des années 1980, période durant laquelle la navigation de plaisance s’est développée avec l’arrivée et l’amarrage des premiers navires de cette nouvelle ère dans le port. Cette activité s’est poursuivie et a modifié la forme du bassin jusqu’en 2010, avec une extension qui permet aujourd’hui d’accueillir 450 bateaux à quai.